Lançado em 28 de abril de 1999 para o portátil da bandai WonderSwan, Super Robot Wars Compact é o primeiro a apresentar o sistema "Seleção de Cenário", que permite ao jogador decidir a ordem em que as fases serão jogadas. Ele também introduz um sistema que randomiza a lista de Comandos Espirituais de cada personagem com base no aniversário e no tipo sanguíneo especificados na biografia do portátil Wonderswan.
É o único outro Super Robot Wars, além do primeiro, que não apresenta um design "Banpresto Original" de qualquer forma ou estilo. O chefe final do jogo foi o principal vilão de Daitarn 3 , Don Zauser.
Séries que marcam presença neste game:
- Mobile Suit Gundam
- Mobile Suit Zeta Gundam
- Mobile Suit Gundam ZZ
- Mobile Suit Gundam 0083: Stardust Memory
- Mobile Suit Gundam 0080: War in the Pocket
- Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack
- Mobile Suit Gundam F91
- Mazinger Z
- Great Mazinger
- Getter Robo
- Getter Robo G
- General Daimos
- Aura Battler Dunbine
- Heavy Metal L-Gaim
- The Unchallengeable Daitarn 3
- Brave Reideen
- Gundam Wing: Endless Waltz